ERP系统启动后，通常需要经历三个阶段的运行和维护：系统保证、系统优化和系统扩展。每个阶段都在早期阶段完成，前一阶段的工作也同时存在。
1.系统支持阶段：在系统启动之初，确保系统稳定运行，解决了系统缺陷.操作失误.权限控制等问题，经过一段时间的顺利调试，系统设计的误差及用户操作问题日益减少，处于稳定运行阶段。大公司一般需要3~6个月。
2.系统优化阶段：系统进入稳态运行阶段后，在系统设计上或多或少会出现操作上不方便或不能实现的问题，这就需要系统的优化，使系统完全达到设计要求。在此阶段，如果您有自己的ERP开发和实施团队，时间就会少得多。
3.系统扩展阶段。当系统满足了图纸设计的要求，管理人员就有可能认识到ERP在企业管理中的重要作用，并希望将ERP应用到更多的领域，从而实现企业资源的优化。在这一点上，需求会不断地被提出，并扩展到ERP系统生命周期的末尾。
ERP在三个操作和维护阶段都需要不断地解决，ERP应用过程中所遇到的一些问题。
1.用户权限管理(包括新的用户权限、权限更改、权限禁用)
2.业务流程管理(协助公司业务单位发展相应ERP业务程序，通常主要涉及业务过程维护)
3.完善公司ERP文件(二次开发文件、技术支持文件等)
4.用户需求管理(主要是为企业资源规划体系的升级改造做准备)-梦想内容管理体系。
5.及时、有效地与软件供应商沟通(将公司用户的需求以及软件使用中遇到的问题及时反馈给软件供应商，督促软件供应商及时解决问题，并在下一版软件中反映出其意愿)
6.日常维护软件(包括数据库维护和数据进口和出口)，维持记录文件的建立。
7.软件升级(包括编程、升级实现、过程文件等)
8.编制和完善企业资源规划系统报告(二次开发)
9.制订和改进企业资源规划管理政策和程序
10.企业资源规划数据备份(磁带备份光盘备份灾难恢复演练)
