在MES系统中，企业从需求到生产再到交付的过程控制可以形成闭环，这可以帮助企业提高生产效率。然而，在工业4.0时代，企业生产环节不仅需要解决高效问题，还需要满足不可预测的市场需求。智能工厂的显著特点是生产系统变得更加灵活和可重新配置，这需要及时灵活地改变相关生产系统的属性和参数，这些因素对MES系统提出了更高的要求。
MES是智能工厂的‘神经系统’。只有充分发挥MES在制造企业中的作用，才能促进智能工厂的真正运行。
智能工厂要求工厂实现企业的水平和垂直整合，更好地响应市场需求，快速推出新产品，具有更好的质量控制、更好的智能物流等，MES发挥了关键作用。
MES解决方案具有承上启下的功能，与ERP/PDM融为一体，与工业自动化层融为一体。面对未来工业4.0阶段，这种集成和融合并不那么容易。
为了更好地实现MES集成，最大的挑战来自两个方面。一是系统如何顺利部署，有机融入企业现有的IT/OT环境和业务流程(信息技术/操作技术)；二是如何适应企业的发展，能够有效支持技术和业务的进步。这就要一个非常强大和开放的系统和经验丰富的实施合作伙伴，对技术和业务有深刻的了解。
当然，一旦上下一体化成功，不仅要优化生产线，还要有效利用大量的生产数据。通过挖掘数据金矿，可以进一步分析优化工艺，提高产品质量。
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